シンプルに、リモートの本家リポジトリを fetch し手元にマージするという方法。

fork したリポジトリに移動して以下を行う

1. 本家を upstream という名前でリモートとして追加する

   git remote add upstream git://github.com/FOO/BAR.git
   git remote -v show
   

2. 本家の変更を fetch

   git fetch upstream
   

3. 本家の変更を merge

   git merge upstream/master
   

手順としてはシンプルで理解しやすい。

fork したリポジトリの master は常に本家に追従するようにしておいて、pull request を送る際には必ずトピックブランチを切ってから送るように運用すればよさそうだ。

参考

GitHubでFork/cloneしたリポジトリを本家リポジトリに追従する - Qiita